Два года прошло с момента Четвертой Мировой Войны, но мир снова оказался под угрозой. Луна, где когда-то был заточен Гэдо Мазо, теперь стремительно приближается к Земле, грозя обрушиться катастрофой. В это же время неизвестный ниндзя с бьякуганом похищает Ханаби, младшую сестру